(所得税法等の一部を改正する法律の一部改正)
第十七条 所得税法等の一部を改正する法律(平成二十八年法律第十五号)の一部を次のように改正する。
第十条中租税特別措置法第六十八条の九第十項の改正規定を削る。
第十条のうち租税特別措置法第六十八条の十一第二十一項の改正規定中「、「百分の四・四」「百分の十・三」に」を削る。
第十条中租税特別措置法第八十四条の二の改正規定の次に次のように加える。
第八十六条の五第十一項中「前項」「第十項」に改め、同項を同条第十四項とし、同条第十項の次に次の三項を加える。
11 被災事業者である適格請求書発行事業者(消費税法第二条第一項第七号の二に規定する適格請求書発行事業者をいい、その課税期間に係る同法第九条第一項に規定する基準期間における課税売上高が千万円以下である者に限る。以下この項及び次項において同じ。)が、指定日までに同法第五十七条の二第十項第一号の規定による届出書をその納税地を所轄する税務署長に提出した場合には、その提出があつた日の翌日に、同条第一項の登録は、その効力を失う。この場合において、当該適格請求書発行事業者のその提出があつた日の属する課税期間に係る同法第九条第一項及び第十五条第六項の規定の適用については、同法第九条第一項中「である者(適格請求書発行事業者を除く。)とあるのは「である者」と、同法第十五条第六項中「の初日において適格請求書発行事業者である場合又は当該課税期間における」とあるのは「における」と、「若しくは」とあるのは「又は」とする。
12 前項の規定は、被災事業者である適格請求書発行事業者が、第三項の届出書を提出した場合について準用する。この場合において、前項中「同法第五十七条の二第十項第一号の規定による」とあるのは「第三項の」と、「の翌日」とあるのは「に、同法第五十七条の二第十項第一号の規定による届出書がその納税地を所轄する税務署長に提出されたものとみなし、同日の翌日」と、「のその」とあるのは「の第三項の届出書の」と読み替えるものとする。
13 消費税法第五十七条の二第十一項の規定は、第十一項(前項において準用する場合を含む。)の規定により同条第一項の登録がその効力を失つたときについて準用する。この場合において、同条第十一項中「第六項の規定による登録の取消しを行つたとき、又は前項」とあるのは「租税特別措置法(昭和三十二年法律第二十六号)第八十六条の五第十一項(同条第十二項において準用する場合を含む。)(納税義務の免除の規定の適用を受けない旨の届出等に関する特例)と、「取り消された又はその」とあるのは「その」と読み替えるものとする。
附則第一条第七号の三ハ中「第六十八条の九第十項の改正規定、同法」及び「、同法第六十八条の十一第二十一項の改正規定「百分の四・四」「百分の十・三」に改める部分に限る。)を削り、「第百六条」「第百七条第三項」に改め、同条第九号イ中「及び第五十二条第一項」「、第五十二条第一項及び第百二十八条の二」に改め、同号ハを同号ニとし、同号ロの次に次のように加える。
ハ 第十条中租税特別措置法第八十六条の五の改正規定及び附則第百二十八条の二の規定
附則第百六条を次のように改める。
第百六条 削除
附則第百七条の見出しを(連結法人がエネルギー環境負荷低減推進設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除等に関する経過措置)に改め、同条に次の一項を加える。
 新租税特別措置法第六十八条の十第十二項及び第十三項、第六十八条の十三第八項及び第九項、第六十八条の十五第七項、第六十八条の十五の二第十項又は第六十八条の十五の四第十二項(これらの規定により読み替えて適用する地方法人税法第十五条第一項に係る部分に限る。)の規定は、連結法人の連結親法人事業年度(法人税法第十五条の二第一項に規定する連結親法人事業年度をいう。以下同じ。)平成三十一年十月一日以後に開始する連結事業年度における新租税特別措置法第六十八条の十第三項、第六十八条の十三第二項、第六十八条の十五第二項又は第六十八条の十五の二第二項及び第三項に規定する調整前連結税額から控除される金額並びに新租税特別措置法第六十八条の十第五項、第六十八条の十三第四項又は第六十八条の十五の四第五項に規定する加算した金額について適用し、連結法人の連結親法人事業年度が同日前に開始した連結事業年度における旧租税特別措置法第六十八条の十第二項及び第三項、第六十八条の十三第一項及び第二項、第六十八条の十五の二第二項又は第六十八条の十五の三第一項から第三項までに規定する調整前連結税額から控除される金額並びに旧租税特別措置法第六十八条の十第五項、第六十八条の十三第四項又は第六十八条の十五の四第五項に規定する加算した金額については、なお従前の例による。
附則第百二十八条の次に次の一条を加える。
(適格請求書発行事業者の登録の取消し等に関する特例に関する経過措置)
第百二十八条の二 新租税特別措置法第八十六条の五第十一項の規定は、同項の適格請求書発行事業者が平成三十五年十月一日以後に三十五年改正規定による改正後の消費税法第五十七条の二第十項第一号の規定による届出書を提出する場合について適用し、新租税特別措置法第八十六条の五第十二項の規定は、同項の適格請求書発行事業者が同日以後に同条第三項の届出書を提出する場合について適用する。